Um zwei Dateien zu vergleichen, können sie im Tracker ausgewählt und im 'Öffnen mit...' Menü mit PonpokoDiff geöffnet werden. Oder man zieht die Dateien jeweils in die linke bzw. rechte Seite in PonpokoDiff's Hauptfenster. Das Programm kommt mit umbenannten oder verschobenen Dateien zurecht und bietet bei geändertem Inhalt an die Dateien neu zu laden und zu vergleichen.