Das Hauptfenster beinhaltet eine beliebige Anzahl von Dokumenten. Jedes Bilddokument kann sich aus mehreren Ebenen zusammensetzen. Von der untersten bis zur obersten überlagert jede Ebene entsprechend ihres gesetzten Modus die vorherigen und formt so das fertige Bild. Jede Ebene startet leer und ist somit völlig transparent. Sie kann mit grafischen Objekten gefüllt werden, die sich wiederum auf der Ebene gegenseitig überlagern.
Objekte werden mit Hilfe der WonderBrush-Werkzeuge erstellt. Es gibt verschiedene Typen wie Pinselstriche, Formen, Textobjekte oder Filter. Jedes Objekt besitzt eine Liste von Eigenschaften, die seine Erscheinung definieren. Die Stärke von WonderBrush besteht darin, dass die Objekte jederzeit in ihrer Reihenfolge vertauscht und in ihren Eigenschaften verändert werden können.
Ein offenes WonderBrush-Dokument verweist auf bis zu zwei Dateien, einmal als natives Dokument gespeichert, einmal als Exportformat (SVG, von Haiku unterstütztes Bitmap-Format, Source Code, etc.). Die Bitmap-Auflösung eines Dokuments kann jederzeit geändert werden, somit ist WonderBrush eine Art Hybrid zwischen Bitmap-Editor und Vektorzeichenprogramm.
Fast das gesamte Haiku-Artwork inklusive der Grafiken auf der Haiku-Webseite sind in WonderBrush erstellt. Es ist zwar nicht quelloffen, die Benutzung unter Haiku ist jedoch für alle Zwecke frei.