Filer nimmt die Dateien mit denen er geöffnet wurde oder die auf sein Icon oder in der "Dropzone" fallen gelassen wurden und verschiebt sie, benennt sie um, kopiert sie oder macht allerlei andere Dinge mit ihnen, so wie es durch vom Benutzer anlegete Regeln vorgegeben wird.
Filer hat ein Partner-Tool names AutoFiler. Anstatt mit vom Benutzer ausgewählten Dateien zu arbeiten, kann AutoFiler automatisch mit Haiku gestartet werden um bestimmte Ordner zu überwachen. Neu auftauchende Dateien in diesen Ordnern werden nach den Filer-Regeln bearbeitet.
Wer bereits eine ältere Filer Version (vor v1.1.0) benutzt hat, muss seine Regeln neu anlegen.