Doxygen kann…
…eine Online-Dokumentation (in HTML) und/oder eine Bedienungsanleitung (in LaTeX) aus einer Auswahl an kommentierten Quellcode-Dateien erstellen. Zudem werden RTF (MS Word), PostScript, PDF mit Hyperlinks, komprimierte HTML und Unix man pages unterstützt.
…die Struktur aus einem unkommentierten Quellcode extrahieren. Das ist sehr hilfreich, um sich in einem großen Quellcode zurecht zu finden.
…die Beziehungen zwischen den verschiedenen Elementen visualisieren, indem es Abhängigkeiten, Vererbungen und Kooperationen automatisch generiert und darstellt.